یکی از راه‌های افزایش بهره‌وری طراحی مناسب و هدفمند سازوکارهای تامین مالی است. آنچه در مورد بودجه پژوهش کمتر مورد مقایسه و بررسی قرار می‌گیرد سازوکارهای تامین و تخصیص بودجه پژوهش است. بدون شک یکی از علل کاهش و یا افزایش بهره وری همین سازوکارها هستند.
حرف از بودجه پژوهش که به میان می‌آید اجمالاً همگی بر افزایش بودجه متفق‌القول‌اند. اکثر افراد نیز سهم بودجه پژوهشی کشورمان از تولید ناخالص داخلی را با همین نسبت در سایر کشورها مقایسه می‌کنند. نتیجه این قیاس نیز از پیش روشن است.
قطعا میزان بودجه پژوهش اهمیت فراوانی دارد. اما اگر قرار است افزایشی رخ دهد (اگر چشم امیدی در شرایط فعلی به آن باشد) باید همراه با ارتقا و افزایش بهره‌وری باشد. بند 2-8 سیاست‌های کلی«علم و فناوری» نیز اشاره به همین موضوع دارد. مقام معظم رهبری مدظله‌العالی در دیدار با اساتید دانشگاه در تیرماه ۱۳۹۴در این خصوص می‌فرمایند:
سهم بودجه‌ی پژوهش مهم است؛ چند سال است که بنده در همین جلسه و در جلسات دیگر و در دیدارهای خصوصی با مسئولین اجرایی کشور، روی این مسئله تاکید کرده‌ام، متاسافانه اطلاعاتی که به من می‌دهند و گزارشی که به من می‌دهند نشان می‌دهد که نه، این حرف‌ها مثل نصیحت است؛ نصیحتی که مثلاً یک نفر منبر می‌رود و یک نصیحتی می‌کند؛ با این چشم نگاه شده؛ این‌جور نیست؛ باید سعی بشود. حالا در چشم‌انداز، ۴ درصد از [تولید ناخالص داخلی] را برای پژوهش در نظر گرفتند؛ ما حالا آن‌قدر همّتمان برای این در کوتاه‌مدّت، بلند نیست؛ امّا همان 1/5 درصد یا ۲ درصدی که ممکن است و صحبت است، باید انجام بگیرد؛ هنوز بودجه‌هایی که وجود دارد برای پژوهش، بحث چند صدم درصد است؛ یکی این مسئله است؛ یکی هم صَرف درست و برنامه‌ریزی‌شده‌ی منابع مالی پژوهش؛ باید درست صرف بشود و درست در جای خود قرار بگیرد.
یکی از راه‌های افزایش بهره‌وری طراحی مناسب و هدفمند سازوکارهای تامین مالی است. آنچه در مورد بودجه پژوهش کمتر مورد مقایسه و بررسی قرار می‌گیرد سازوکارهای تامین و تخصیص بودجه پژوهش است. بدون شک یکی از علل کاهش و یا افزایش بهره‌وری همین سازوکارها هستند. این سازوکارها ظرفیت‌ها و محدودیت‌هایی را به همراه دارد. در این سازوکارها مشخص می‌شود، چه کس و یا کسانی؟ چه مقدار را؟ بر اساس چه معیارهایی؟ با چه میزان ریسک‌پذیری؟ به چه کس و یا کسانی؟ در چه افق زمانی؟ با چه رویه‌های نظارتی؟ و چه میزان انعطاف در هزینه‌کرد و در استانداردها اعطا می‌کنند.
پاسخ‌های متفاوت به این سوالات می‌تواند سازوکارهای مختلفی را رقم بزند. به عنوان مثال جوایزی که توسط موسسات، بنیادهای خصوص و دولتی اعطا می‌شوند کارکرد بسیار متفاوتی نسبت به گرنت‌ها دارند. عموماً در هزینه کردن جوایز دست پژوهشگر باز است لیکن در گرنت‌ها عموماً انعطاف کمتری وجود دارد. جوایز افق زمانی بلندتری دارند در حالی گرنت‌ها معمولا به بازه‌های زمانی کمتری اختصاص می‌یابند. جوایز عموماً بر اساس میزان شایستگی‌ها به افراد اعطا می‌شود. در حالی که گرنت‌های پروژه محور بر اساس شایستگی‌های گذشته و کیفیت طرح نامه پژوهشی -که در یک فرآیند مرور همتا سنجیده می‌شود- اعطا می‌گردند.
این تفاوت‌ها (ظرفیت‌ها و محدودیت‌های سازوکارهای مختلف تامین مالی) زمانی معنای بیشتری پیدا می‌کنند که در برابر ویژگی‌های شناختی پژوهش قرار می‌گیرند. در سوی دیگر قصه پرغصه بودجه پژوهش، پژوهشگرانی قرار دارند که درگیر پژوهش‌های مختلف با ویژگی‌های متفاوتی هستند. برخی از پژوهش‌ها افق زمانی بلندتری دارند و زمان بیشتری را طلب می‌کنند. درحالی که برخی دیگر از تحقیقات کوتاه مدت‌تر هستند. تعدادی از پژوهش‌ها ریسک بالایی دارند و برخی دیگر در شرایط مطمئن‌تری صورت می‌پذیرند. تعداد محدودی از پژوهش‌ها در پی سنت شکنی‌اند و از استانداردهای موجود فراتر می‌روند و برخی دیگر تماماً در چارچوب‌ها و سنت‌های حاکم جای می‌گیرند. لذا تفاوت‌های شناختی جدی بین پژوهش‌ها وجود دارد.
گاها برای راه افتادن جریان پژوهش در حوزه-رشته و موضوع یا موضوعاتی خاص تنها انجام پژوهش کافی نیست. گاهی اوقات باید شبکه‌ای از پژوهشگران را ایجاد کرد؛ بعضاً باید پایگاه داده‌ای تاسیس کرد که خود ممکن است سال‌ها زمان ببرد. این دسته از اقدامات اجتناب ناپذیرند و طبیعتا به بودجه‌های پژوهشی نیاز دارند. به نظر می‌رسد سازوکار تامین مالی برای تحقق این نوع از نیازها باید تفاوت‌هایی با سایر سازوکارها داشته باشد. به عنوان مثال در هزینه کرد منعطف‌تر بوده و افق زمانی بلندتری را در نظر داشته باشد. طبیعتا اگر سازوکار تامین و تخصیص بودجه برای چنین اقدامات و یا به اصطلاح پژوهش‌هایی با ویژگی‌ها شناختی پژوهش سازگار و منطبق نباشد اهداف موردنظر پروژه پژوهشی در کم و کیف مطلوبی محقق نخواهند شد. لذا تناسب ظرفیت‌ها و محدودیت‌های سازوکارهای تامین مالی با ویژگی‌های شناختی پژوهشی می‌تواند کارایی و اثربخشی را افزایش دهد.
پژوهشگر حوزه اقتصاد علم
